ZEISS ZEN Intellesis für die Bildsegmentierung in der Mikroskopie

Nutzen Sie das Potenzial von Deep Learning für die einfache Segmentierung Ihrer Bilder

So beeindruckend mikroskopische Bilder auch sind, ihr wahrer Wert steckt in den darin enthaltenen Daten. Die Bildsegmentierung ist aktuell eine der größten Herausforderungen in der Mikroskopie. Sie bildet die Grundlage für alle nachfolgenden Schritte der Bildanalyse. ZEN Intellesis nutzt Deep Learning und Python, um im Handumdrehen robuste und reproduzierbare Segmentierungsergebnisse zu liefern, auch wenn der Benutzer unerfahren ist. Sie brauchen die Software jetzt nur einmal zu trainieren, dann kann ZEN Intellesis anschließend Hunderte von Bildern automatisch segmentieren. Das spart Zeit und minimiert die Beeinflussung durch den Benutzer.

Highlights

Nutzen Sie Deep Learning für die Segmentierung Ihrer Bilder

Um aus guten Bildern zuverlässige Daten zu erhalten, müssen Sie häufig mehrere Objektklassen in zahlreichen Bildern segmentieren. Mit ZEN Intellesis können Sie jetzt Ihr Expertenwissen nutzen, um die Software mithilfe einiger Bilder zu trainieren. Sämtliche zeitaufwändigen Segmentierungsschritte für Hunderte ähnliche Bilder werden dann von den leistungsstarken Deep-Learning-Algorithmen und der Python-Infrastruktur des ZEN Intellesis Softwaremoduls ausgeführt. Mithilfe der Multi-Channel-Elementextraktion lassen sich selbst komplexe multidimensionale, multimodale Daten unabhängig von deren Herkunft analysieren.

Genießen Sie eine reibungslose Integration in Ihre Arbeitsabläufe

Das Softwaremodul ZEN Intellesis vereinfacht die Verwendung von Deep Learning: Sie laden einfach Ihr Bild, legen Ihre Klassen fest, markieren Objekte, trainieren Ihr Modell und führen die Bildsegmentierung durch. Wenn Sie mit den Ergebnissen zufrieden sind, können Sie Ihr trainiertes Modell für die Segmentierung und Analyse vollständiger Datensätze anwenden. ZEN Intellesis ist vollständig in den Bildanalyseassistenten der ZEN Imaging Software integriert. Die Integration in das Mess-Framework von ZEN stellt sicher, dass alle wertvollen Metadaten zusammenbleiben und für weitere Bearbeitungsschritte verfügbar sind.

Analysieren Sie multimodale Bilder aus unterschiedlichen Quellen und Formaten

Mit dem Softwaremodul
ZEN Intellesis können Sie multidimensionale Bilder aus den
verschiedensten Quellen ganz einfach segmentieren, zum Beispiel:

  • Weitfeldmikroskopie
  • Hochauflösende Mikroskopie
  • Fluoreszenzmikroskopie
  • Markierungsfreie Mikroskopie
  • Konfokale Mikroskopie
  • Lichtblattmikroskopie
  • Elektronenmikroskopie
  • Röntgenmikroskopie

Außerdem können Sie sämtliche Bildformate analysieren, welche die ZEN Imaging Software lesen kann, wie CZI, TIFF, JPG, PNG, TXM und alle mit Bio-Formats kompatiblen Bilder.

Anwendungen in der Biologie

1. Scratch Assay

Einzelbild einer Zeitrafferaufnahme. Segmentierungsergebnis von ZEN Intellesis
Einzelbild einer Zeitrafferaufnahme.
Segmentierungsergebnis von ZEN Intellesis - Kratzfläche (Türkis), Zellschicht (Orange) und Mitosezellen (Rot).
Messung der Größe des Kratzerbereichs mit dem ZEN-Bildanalyse Modul über die Zeit
Basierend auf den Segmentierungsergebnissen von ZEN-Intellesis wurde die Größe des Kratzerbereichs mit dem ZEN-Bildanalyse Modul über die Zeit gemessen.

2. Stachel und Dendriten

Spines auf einem Denriten
Dendrit eines Neurons, das grün fluoreszierendes Protein exprimiert. Mit strukturierter Beleuchtung auf Elyra aufgenommenes Bild, das Stacheln auf einem Dendriten zeigt.
Die Segmentierung mit ZEN Intellesis führt zu einer klaren Trennung
Die Segmentierung mit ZEN Intellesis führt zu einer klaren Trennung der Stacheln (grün) von Dendrit (rot) und Hintergrund (blau).

3. Drosophila

Röntgenaufnahme eines Drosophila melanogaster.
Röntgenaufnahme eines Drosophila melanogaster. 1400-facher Z-Stapel der gesamten Fruchtfliege, generiert mit ZEISS 520 Versa.
Röntgenaufnahme eines Drosophila melanogaster.
Segmentierungsergebnis mittels Mit ZEN Intellesis - Exoskelett (rot), innere Strukturen (blau und gelb), Hintergrund (grün)
Gerendertes 3D-Modell basierend auf Exoskelett.
Gerendertes 3D-Modell basierend auf Exoskelett.

Anwendungsbeilspiele in der Material Analyse

XRM-Sandstein - Original
XRM-Sandstein - Original
XRM-Sandstein - markiert
XRM-Sandstein - markiert
XRM Sandsttein – ausgebildet und segmentiert
XRM Sandsttein – ausgebildet und segmentiert
XRM-Sandstein - IP-Funktionsausgabe
XRM-Sandstein - IP-Funktionsausgabe

So segmentieren Sie Ihre Bilder

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ZEISS ZEN Intellesis Machine Learning Software

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ZEISS ZEN Intellesis

Machine Learning Approaches for Easy and Precise Image Segmentation

8 Pages
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ZEISS ZEN Intellesis for Life Science

Image Segmentation for 2D and 3D Datasets

2 Pages
Filesize: 1,149 kB

ZEISS ZEN Intellesis for Materials Science

Your Imaging Software for Machine Learning

2 Pages
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