Gegen den erbitterten Widerstand der Belegschaft wurde Carl Zeiss Jena zum 1.7.1948 verstaatlicht. Zugleich wurde eine VVB Optik begründet, die die Arbeit der VEBs auf dem Gebiet der Optik koordinieren sollte. In den ersten Jahren war der Werkleiter des VEB Carl Zeiss Jena zugleich Hauptdirektor dieser VVB. Recht bald wurde Zeiss nach den Erfordernissen der Zentralverwaltungswirtschaft umgebaut. Diese Organisationsstruktur änderte sich in den nächsten Jahren nur wenig. Es wurde lediglich 1953 die Direktion für Arbeit eingerichtet.

Größere Veränderungen gab es des Öfteren innerhalb von Forschung und Entwicklung. Dies betraf aber weniger die einzelnen Forschungs- und Entwicklungsabteilungen, als vielmehr die Zwischenebenen.

Die Akten dieser Ebene können aber den einzelnen Laboratorien zugeordnet werden. Daher ist eine genaue Rekonstruktion dieser Organisationsveränderungen für die Aktenerschliessung unerheblich.

Zum 1.1.1965 wurde der VEB Carl Zeiss Jena in ein Kombinat umgewandelt. Zugleich wurde ihm der VEB Rathenower Optische Werkstätten zugeordnet.

Der organisatorische Wandel vollzog sich aber nur langsam. Zwar wurden die ehemaligen Betriebsleitungen zu Betrieben (aus der Fernrohr-Betriebsleitung (FBL) wurde der F-Betrieb). Sie blieben jedoch vornehmlich Produktionsstätten. Die Zentralbereiche (Forschung, Entwicklung, Technologie, Vertrieb) blieben dominierend. Voll integrierte Betriebe bildeten sich erst allmählich heraus.

Da diese Betriebe kaum Spuren hinterlassen haben und um die Strukturen nicht zu kompliziert zu machen, bleiben die wenigen Akten (45 Stück vor allem aus dem G-, F- und P-Betrieb) den alten Betriebsleitungen zugeordnet und erst beim Aufbau eines neuen, voll integrierten Betriebes wurde ein neuer Bestand gebildet. Ähnlich wurde mit den Akten aus der Forschung und Entwicklung verfahren (siehe dazu Abschnitt Forschungsbetrieb). Sie wurden bis zur Gründung des Forschungszentrums 1971 den vormaligen Laboratorien zugeordnet.

Seit Mitte der 60er Jahre wurden umfangreiche Investitionen für Zeiss genehmigt. Zielsetzung war die Erhöhung der Produktion von wissenschaftlichen Präzisionsgeräten für den Bedarf der DDR und für den Export.

Eines der größten Bauvorhaben war die Errichtung des Baus 6/70. Er wurde zum Zentrum des sogenannten Produktionssystems Süd (auch Werk II genannt), in dem ein großer Teil des Südwerks zu einem technologischen System zusammengefasst wurde. Die drei Stammbetriebe G, F und P siedelten nach dem Abschluss der Investitionsleistungen in den Bau 6/70 über und wurden dort im "Werk 2" zusammengefasst. Mit Wirkung vom 07.12.1971 wurde die seit 20.03.1971 amtierende Auftragsleitung für den Bau 6/70, die mitunter auch als "Aufbaustab" bezeichnet wurde, aufgelöst. Ihre Aufgaben übernahm ab dem 06.12.1971 die Werkleitung des Werkes 2, das in G-Betrieb umbenannt wurde.Ebenfalls mit Wirkung vom 06.12.1971 wurden dem Werkleiter des Werkes II der F-Betrieb, der G-Betrieb und der P-Betrieb unterstellt. Die Gliederung der Aufgaben der Fachdirektionen war in allen Betrieben des Kombinates einheitlich. Sie erfolgte horizontal nach Aufgaben.

Die Organisationsstruktur des Werkes 2 bzw. des G-Betriebes nach Abschluss der Reformen blieb bis zur Auflösung des G-Betriebs bestehen. Die Abteilung Sicherheit wurde 1977 in GX umbenannt und ihr wurde der Inspektionsbeauftragte zugeordnet, der zuvor direkt dem Betriebsleiter unterstanden hatte. Außerdem wurde eine Hauptauftragsleitung (GA) gegründet, die von der Abteilung GT die Aufgaben der Baubetreuung übernahm.

Mit der Bildung des Kombinates 1965 wurde ein erster Versuch unternommen, Betriebe zu vollstufigen Unternehmen auszubauen. Dementsprechend wurden Forschung und Entwicklung organisatorisch den einzelnen Betrieben zugeordnet. Eine zentrale Direktion für Forschung und Entwicklung blieb jedoch erhalten, die vor allem für die Vorlaufforschung und die Grundlagenforschung zuständig war.

Die innere Organisation der Laboratorien und Entwicklungsbüros betraf diese neu Zuordnung kaum. Die Laboratorien behielten ihre Namen und ihre Funktion, wenn sich auch die Strukturkürzel änderten. Die Laboratorien blieben im 1959 errichteten Forschungshochhaus. Das heißt, auch die informellen Prozesse änderten sich wenig. Diese Kontinuität zeigt sich auch in den Akten: Sie wurden einfach fortgeführt. Die Zuordnung zu den Betrieben blieb Episode. Nach eingehender Analyse dieser Akten ergab sich, dass die Aktenstruktur zu keinem tektonischen Schnitt berechtigt. Außerdem würde dies zu einer Zunahme der Unübersichtlichkeit führen. Daher wurden diese Akten in der Provenienzklassifikation weiterhin den alten Forschungseinrichtungen des VEB zugeordnet. Das führt also zu einer schiefen Anordnung: Während die anderen Akten des VEB nur bis 1964 reichen, sind die Akten der Forschung und Entwicklung bis 1970 noch dem VEB zugeordnet. Erst am 1.1.1971 mit der Gründung des Forschungszentrums ändert sich dies. Hier wurden nicht nur Forschung und Entwicklung sondern auch die Technologieentwicklung der Direktion "Technik" zusammengeführt.

Nach einigen Experimenten in der Organisation bildete sich 1976 eine Struktur heraus, die im wesentlichen in der ganzen Zeit der Existenz des Forschungszentrums erhalten blieb. Die Experimente der Zwischenzeit betrafen weniger die Laboratorien und Entwicklungsbüros als vielmehr die Zwischenebene zwischen ihnen und der Forschungsdirektion. So waren die Laboratorien zeitweise in zwei Gruppen WL und WS aufgespalten.

1968 wurde ein eigenes Forschungszentrum für die Automatisierung der Technischen Vorbereitung AUTEVO gegründet. Das Forschungsleitzentrum FLZ AUTEVO wurde aus dem Staatshaushalt finanziert und hatte die Aufgabe, in internationaler Zusammenarbeit und mit den anderen Industriezweigen Forschungen für die computergestützte Produktionsvorbereitung voranzutreiben. Dafür standen Fördermittel zur Verfügung, die auch vom Maschinenbau, dem Anlagenbau, der Elektroindustrie und dem Bauwesen genutzt wurden. 1979 wurde das inzwischen auf eine Koordinierungsstelle AUTEVO reduzierte Forschungszentrum geschlossen. Die Themen und ein Teil des Personals gingen zunächst in die Abteilung X, dann in WEH, und später in WEK über.

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